Nel Medioevo ai vari culti pagani si sostituirà il Cristianesimo, la cui diffusione sull'isola è da ricollegarsi al culto di Santa Restituta. Accanto a questo fenomeno religioso, nel Medioevo bisogna registrare un evento storico che coinvolgerà non solo l'isola, ma l'intera Europa da Nord a Sud: le invasioni barbariche. Come sappiamo con la caduta dell'Impero romano d'Occidente, popolazioni di stirpe germanica occuparono i possedimenti romani operando devastazioni e saccheggi. Accanto ai barbari, vi furono i Bizantini del sopravvissuto Impero romano d'Oriente che si contesero con i barbari la nostra penisola. Ischia fu sottoposta ai Bizantini per un periodo che va dal 558 al 588 d.C.. Restituita dai Bizantini a Napoli, Ischia ebbe un proprio governatore col titolo di Conte, dal 661 al 1130. Ma si trattò di un periodo di relativa tranquillità, in quanto l'isola dovette fare i conti prima con i Longobardi e poi con le scorribande dei pirati arabi che misero in apprensione la popolazione isolana e i rappresentanti della Chiesa. Il primo documento ufficiale è di papa Gregorio Magno che, nel 598 d.C., rileva la necessità di una maggiore protezione degli abitanti "de insulis". Nel 812 d.C. Ischia subì una vera e propria occupazione saracena, tale da indurre di nuovo un papa, Leone III a inviare una lettera di soccorso a Carlo Magno. È in tale documento che l'isola (e più precisamente il "borgo di mare", l'attuale Ischia Ponte) è designata come "Iscla Major", "isola maggiore", per differenziarla dall"Insula minor" o "Castrum Ieronis", l'isolotto del castello, nel quale gli abitanti dell'isola si rifugiarono. Iscla deriva:
Ischi, nome meno conosciuto di Apollo, dio della salute e protettore delle acque medicamentose;
Ioxas, fico, frutto del quale l'isola è ricca;
ischion, il femore da cui l'isola trarrebbe la forma;
ile o isle, termini francesi per "isola";
ischion, fortezza, per la presenza del castello;
aesculus, ischio, un tipo di quercia;
dal fenicio I-scheria, la nera;
dall'arabo col significato di "a sinistra", poichè per i naviganti che imboccano il golfo di Napoli l'isola si trova a manca;
dalla corruzione di insula, divenuta nell'Alto Medioevo issla e poi iscla.